現在、次世代シークエンシング技術で微生物の群集構造を調べることが盛んに行われています。当社は454やMiSeqのシーケンスデータを取り扱っております。

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（１）454シーケンスの場合、Mothurのパイプラインを用いて解析します。

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​参考論文：

Yang W, Wang Y, Tago K, Tokuda S, Hayatsu M. (2017) Comparison of the effects of phenylhydrazine hydrochloride and dicyandiamide on ammonia-oxidizing bacteria and archaea in Andosols. Front. Microbiol. 8, 2226. doi: 10.3389/fmicb.2017.02226.

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（２）MiSeqシーケンスの場合、DADA2とMothurのパイプラインを組み合わせて解析します。

　DADA2は新たな手法を用いてアーティファクトのシーケンスを取り除き、本物のシーケンスだけ取り扱いします。

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DADA2を紹介する論文：

Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, Han AW, Johnson AJ, Holmes SP. (2016) DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nat Methods. 13(7), 581-583. doi: 10.1038/nmeth.3869.​

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（３）統計学の手法を用いて土壌微生物に対する環境因子の影響を調べます

　例えば、nMDS（non-metric multidimensional scaling）、CCA（Canonical correspondence analysis）、One-way or two-way ANOVA など統計学の手法を用いて環境因子の影響を調べます。

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​参考論文：

Wang Y, Uchida Y, Shimomura Y, Akiyama H, Hayatsu M. (2017) Responses of denitrifying bacterial communities to short-term waterlogging of soils. Sci. Rep. 7, 803. doi: 10.1038/s41598-017-00953-8.

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