​１．遺伝子発現マイクロアレーのデータ解析

　適切な数学の方法でマイクロアレーの生データを転換し、統計学の手法で有意差がある遺伝子を検出します。次に、バイオインフォマティクスの手法で細胞の生理、生化学の反応に関する遺伝子を​同定します。更に、同定された遺伝子のリストから、重要な遺伝子を選べ、確認実験用のPCRプライマーを設計します。

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​参考論文：

Wang Y, Morimoto S, Ogawa N, Fujii T. (2011) A survey of the cellular responses in Pseudomonas putida KT2440 growing in sterilized soil by microarray analysis. FEMS Microbiol. Ecol. 78, 220-232.

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２．定量RT-PCR

　マイクロアレーのデータを確認するために、一般的に定量RT-PCR（RT-qPCR）実験を行います。微生物遺伝子の発現レーベルの変動が幅広いですから、レファレンス遺伝子の選択が難しいです。バイオインフォマティクス手法を用いて遺伝子発現マイクロアレーのデータを参考して、適切なレファレンス遺伝子を選択し、適正な遺伝子発現レーベルを計算します。

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参考論文：

Wang Y, Morimoto S, Ogawa N, Fujii T. (2011) A survey of the cellular responses in Pseudomonas putida KT2440 growing in sterilized soil by microarray analysis. FEMS Microbiol. Ecol. 78, 220-232.